Der Hafen von Schnackenburg wurde in den 1960er Jahren als Schutzhafen erbaut. Der Bedarf war groß, den vielen Binnenschiffen auf der Elbe bei Eisgang oder Hochwasser einen sicheren Hafen für einen längeren Aufenthalt zu bieten. In den Wintermonaten lagen teilweise bis zu 50 Schiffe im Schnackenburger Hafen. Vorher mussten die Schiffer auf der Elbe vor Anker gehen und waren jedem Wetter schutzlos ausgesetzt.
Um die nötige Tiefe im Hafenbecken zu erreichen, kam schweres Gerät zum Einsatz. Spülbagger, Eimerbagger und Greifbagger mussten an der Alandmündung insgesamt 200.000 Kubikmeter Aushub bewegen, teilweise versetzt mit alten Baumstämmen und Felsbrocken. Dadurch konnten Schiffe auch bei Niedrigwasser ohne zu Leichtern festmachen. Zum Anlegen der Binnenschiffe wurden in der Mitte des Hafenbeckens Dalben eingerammt, die eine Stegbrücke zur Deichkrone trägt. Als der Hafen fertiggestellt war, entwickelte sich dieser auch zu einem Umschlagplatz für landwirtschaftliche Güter, wie z.B. Dünger und Pflanzenschutzmittel. Die Stadt Schnackenburg schaffte dafür eine eigene Krananlage zum Aus- Ein- und Umladen der Schiffe an.
Der Schutzhafen galt bis zur Wiedervereinigung zudem als wichtige Kontrollstelle für den Transitverkehr der Binnenschifffahrt auf der Elbe. Wasserzoll und Grenzkontrollstelle waren damals in Schnackenburg ansässig. Bis zu 15 000 Schiffe wurden jährlich abgefertigt. Mit der Wende im Jahr 1989 endete die gewerbliche Hafennutzung. Der Kran wurde verkauft und abgebaut. Heute dient der Hafen hauptsächlich Sportbooten und Kanufahrer als Freizeithafen. Wohnmobilstellplätze direkt an der Kaimauer mit Blick auf den Hafen ermöglichen die individuelle Übernachtung. Ein auf dem Deich stehender 14 m hoher Aussichtsturm bietet Besuchern eine wundervolle Aussicht auf das Stadtpanorama und die Elbauenlandschaft. Gelegentlich machen auch noch große Binnenschiffe und Flusskreuzfahrtschiffe im Schnackenburger Hafen fest.