Holtorf kann auf eine lange und facettenreiche Geschichte zurückblicken. Seine Ursprünge reichen bis in die Bronzezeit um 1800 v. Chr. zurück, als archäologische Funde auf eine frühe Besiedlung hinwiesen. Eine Dorfgründung erfolgte jedoch erst im 12. Jahrhundert. Auf der Insel Krummendiek, im Überschwemmungsgebiet zwischen Elbe, Aland und Seege, wurde Holtorf planmäßig als sogenanntes Marschhufendorf von holländischen Siedlern angelegt. Um die Siedlung vor Hochwasser zu schützen, errichteten sie Häuser auf erhöhten Wurten und entwickelten erste Deichanlagen.
Die erste urkundliche Erwähnung Holtorfs als „Holtorp“ (Holzdorf) datiert auf das Jahr 1347. Im späten Mittelalter wechselte Holtorf mehrmals die Herrschaft. Es stand zeitweise unter brandenburgischer, später unter braunschweigischer und lüneburgischer und schließlich unter hannoverischer Herrschaft, was die Bedeutung des Dorfes in regionalen Machtkämpfen unterstrich. Im 14. Jahrhundert wurde der Wehrturm der Holtorfer Kirche im Dorfzentrum errichtet, der als Zufluchtsort und Beobachtungsturm diente. Die Bewohner von Holtorf waren jedoch nicht nur wechselnden Herrschaften, sondern auch ständigen Hochwassergefahren ausgesetzt. Schon im Jahr 1564 finden sich erste Aufzeichnungen über Deichwächter, die das Dorf vor Überflutungen schützen sollten. Dieser Umstand spielte auch im 19. und 20. Jahrhundert eine zentrale Rolle, als immer wieder neue Deichsysteme errichtet oder alte Deiche verstärkt wurden, um die Auswirkungen der regelmäßigen Hochwasserereignisse zu mindern.
Im 18. Jahrhundert gab es bedeutende Entwicklungen im dörflichen Alltag. So wurde 1738 das erste Schulgebäude errichtet, und ein eigenes Schulmeisteramt entstand. Die Deichaufsicht und die Organisation des Dorflebens lagen in den Händen der Realgemeinde, einer Gemeinschaft der Landbesitzer, die bis heute als Realverband existiert. Im Jahr 1797 wurde Holtorf an das Postnetz angeschlossen, und 1902 erhielt das Dorf sein erstes Telefon. Das 19. und 20. Jahrhundert brachten weitere Umbrüche für das Dorf. Während der Franzosenzeit musste Holtorf Einquartierungen von Soldaten ertragen. Auch in den beiden Weltkriegen erlitt die Gemeinde Verluste. Nach dem Krieg fanden viele Flüchtlingsfamilien in Holtorf eine neue Heimat.
Mit der Gebietsreform 1972 verlor Holtorf seinen Status als eigenständige Gemeinde und wurde Teil der Stadt Schnackenburg. Diese Entwicklung führte zu Veränderungen in der dörflichen Struktur, die aber den starken Gemeinschaftsgeist nicht beeinträchtigten. Veranstaltungen wie Erntebälle, Fastnachtsfeiern und Dorffeste prägten das Gemeinschaftsleben. In den 1990er Jahren setzte eine umfassende Dorferneuerung ein. Die Dorfstraße wurde neu gepflastert, Wege ausgebaut und der Ortskern, einschließlich Spielplatz und Kirche, modernisiert. Der Hochwasserschutz blieb jedoch weiterhin eine zentrale Aufgabe. In den Jahren 2002, 2006 und 2013 musste Holtorf schwere Hochwasser überstehen. Dank der vereinten Kräfte der Dorfbewohner und externer Helfer konnten Deichbrüche verhindert werden. Heute liegt Holtorf mit seinen landwirtschaftlichen Höfen und seiner idyllischen Lage im Biosphärenreservat Niedersächsische Elbtalaue. Die knapp 100 Bewohner des Ortes pflegen noch immer ihre Traditionen und ihren Gemeinschaftssinn. Veranstaltungen wie das Osterfeuer und das jährliche Jagdessen zeigen, dass das Dorfleben in Holtorf trotz des modernen Wandels lebendig geblieben ist.
