Anfang der 1990er Jahre befanden sich sowohl Schnackenburg als auch die südlich des Plattensees gelegene ungarische Gemeinde Somogyfajsz in einer Phase des Umbruchs. Beide Orte waren mit rund 500 Einwohnern recht klein und lagen in strukturschwachen Regionen. Schnackenburg verlor durch die deutsche Wiedervereinigung seine isolierte Lage als Zoll- und Grenzstadt direkt am ehemaligen Todesstreifen. Die Region wurde Teil des „Grünen Bandes“, und es galt, die unberührte Flusslandschaft der Elbe zu schützen. Somogyfajsz stand nach dem Zusammenbruch des Kommunismus vor dem Wegfall der traditionellen landwirtschaftlichen Genossenschaftsstrukturen. Hier drohte die Verbuschung wertvoller Huteweiden und Feuchtgebiete durch die Aufgabe der Nutzung.
Um diesen Herausforderungen zu begegnen, initiierte die Stiftung Europäisches Naturerbe (EuroNatur) Anfang der 1990er Jahre das Konzept der „Europäischen Partnerkommunen des Naturschutzes“. Ziel war es, ost- und westeuropäische Gemeinden zusammenzubringen, um trotz unterschiedlicher wirtschaftlicher Voraussetzungen einzigartige Naturlandschaften zu erhalten. Schnackenburg und Somogyfajsz passten ideal zusammen: Beide besaßen mit der Elbtalaue beziehungsweise dem ungarischen Boronka-Naturschutzgebiet hochgradig schützenswerte Naturräume, die gleichzeitig sanft touristisch vermarktet werden sollten.
Der Schnackenburger Stadtrat stimmte dieser innovativen Partnerschaft im Dezember 1991 zu. Im Frühjahr 1992 reiste die erste deutsche Delegation nach Ungarn und wohnte dort der Grundsteinlegung eines lokalen Naturschutzinformationszentrums bei. Bereits im September desselben Jahres folgte der Gegenbesuch aus Ungarn zum Schnackenburger Stadtfest, bei dem auch die Entfernungsschilder feierlich präsentiert wurden. Die offizielle Besiegelung der Partnerschaft fand schließlich am 1. Mai 1993 in Radolfzell am Bodensee statt – dem Sitz von EuroNatur.
In den Folgejahren entstanden konkrete Projekte: Mit Spenden half man in Somogyfajsz, die traditionelle Weidewirtschaft mit Steppenrindern und Wasserbüffeln wiederzubeleben, um die Feuchtgebiete als Lebensraum für seltene Vögel offen zu halten. Zudem bauten beide Regionen den sanften Tourismus aus. Schnackenburg setzte dabei vor allem auf den Radtourismus am Grünen Band. Im Jahr 2004, anlässlich des ungarischen EU-Beitritts, reiste nochmals eine Schnackenburger Delegation nach Ungarn. Die Partnerschaft ist ein wichtiges historisches Zeugnis für den europäischen Zusammenhalt und die grenzüberschreitende Pionierarbeit im Naturschutz nach dem Ende des Kalten Krieges.